Les systèmes de production biologique (AB) et biodynamique (BD) se sont considérablement développés en tant qu’alternatives aux systèmes conventionnels (CV) afin d’améliorer la viabilité de la viticulture. Cependant, leur impact sur la qualité biologique du sol reste encore peu documenté. Dans cette étude, nous avons caractérisé différents paramètres du microbiote du sol dans un réseau de 152 parcelles viticoles à l’aide d’outils moléculaires basés sur la caractérisation de l’ADN du sol. Les parcelles étaient réparties de manière équitable sur trois territoires viticoles français (Alsace, Bourgogne du Nord, Bourgogne du Sud) et sélectionnées de manière à équilibrer la part relative de chaque système de production (1/3 chacun pour CV, AB et BD). Des données sur les pratiques de gestion du sol, telles que le travail du sol, la couverture végétale inter-rangs et la fertilisation, ont également été recueillies pour chaque parcelle afin d’étudier leur impact sur le microbiote du sol. Un labour plus intensif, une couverture végétale moins dense entre les rangs et l’exportation des sarments, fréquemment observées dans les parcelles du nord de la Bourgogne, expliquaient en partie la réduction d’environ 50 % de la biomasse microbienne moléculaire, d’environ 15 % de la diversité microbienne et d’environ 90 % des interactions microbiennes par rapport aux sols échantillonnés en Alsace. Le partitionnement de la variance de l’ensemble de données microbiennes cumulées a montré une biomasse microbienne et une richesse bactérienne plus élevées en AB qu’en CV, et en BD qu’en AB. La complexité des réseaux d’interactions microbiennes a augmenté d’environ 145 % en BD par rapport à CV et a diminué d’environ 37 % en AB par rapport à CV. Nos résultats suggèrent que, si les systèmes AB et BD peuvent améliorer la qualité du microbiote du sol, leurs avantages pourraient être encore optimisés grâce à une meilleure culture de couverture et à un travail du sol réduit.