https://doi.org/10.3389/fsoil.2022.1020869

Institut de biotechnologie environnementale, Université de technologie de Graz, Graz, Autriche.

Résumé:

Les communautés microbiennes du sol sont cruciales pour la croissance des plantes et sont déjà appauvries par les activités anthropiques. L’application de transplants microbiens constitue une stratégie pour restaurer les caractéristiques bénéfiques du sol, mais on connaît moins le microbiote des inoculants traditionnels utilisés en agriculture biodynamique. Dans cette étude, nous avons utilisé le séquençage d’amplicons et la PCR quantitative pour déterminer les communautés microbiennes de composts, de préparations biodynamiques (bouse de corne et préparations végétales) provenant d’Autriche et de France. En outre, nous avons étudié l’effet d’extraits dérivés de bouse de corne préparée et de compost sur le microbiome de la rhizosphère des pommiers. L’abondance, la composition et la diversité du microbiote des préparations bouse de corne, des préparations végétales et des composts étaient distinctes. Les abondances microbiennes variaient entre 10¹⁰ et 10¹¹ (gènes ARNr 16S bactériens) et 10⁹ et 10¹¹ (gènes ITS fongiques). La diversité bactérienne était significativement plus élevée dans les préparations bouse de corne que dans les composts, sans que l’on puisse discerner de différences dans l’abondance. La diversité fongique n’était pas significativement différente alors que l’abondance était accrue dans les bouses de corne. Les communautés microbiennes des préparations biodynamiques bouse de corne et végétales  étaient spécifiques à chaque site de production, mais toutes contiennent des genres bactériens potentiellement bénéfiques pour les plantes. Lorsqu’elles ont été appliquées dans des vergers de pommiers, les préparations biodynamiques (extraits) ont eu pour effet non significatif de réduire l’abondance bactérienne et fongique dans la rhizosphère des pommiers (4 mois après l’application), tout en augmentant la diversité fongique et en diminuant la diversité bactérienne de Shannon. Un à quatre mois après l’inoculation, les taxons individuels ont indiqué une abondance différentielle. Nous avons observé la réduction du champignon pathogène Alternaria et l’enrichissement de genres bactériens potentiellement bénéfiques tels que Pseudomonas. Notre étude ouvre la voie à l’adaptation scientifique de formulations biodynamiques développées empiriquement dans le cadre de différentes pratiques agricoles afin de restaurer la vitalité des sols agricoles.